Huduma za Wavuti za Amazon zimefanya hakikisho la OpenFold3, modeli ya wazi ya utabiri wa muundo wa biomolecular, inayoweza kutumiwa moja kwa moja kutoka Amazon SageMaker JumpStart, kulingana na chapisho la Novemba 13 kwenye Blogu ya Kujifunza ya Mashine ya AWS. Hatua hii inaweka moja ya familia za kielelezo cha hesabu muhimu zaidi nyuma ya mwisho wa wingu unaodhibitiwa - na kukabidhi timu za watafiti njia mbadala iliyo na leseni ya wazi ya mifumo ya utabiri wa muundo-miliki.
OpenFold3 ilitengenezwa na OpenFold Consortium na AlQuraishi Lab katika Chuo Kikuu cha Columbia. Kama vile juhudi zingine za sayansi huria zinazofanya utafiti wa hivi punde zaidi wa AI kufikiwa na kila mtu, mradi huchapisha zaidi ya API ya sanduku nyeusi: meli ya msimbo na uzani wa mfano chini ya leseni ya Apache 2.0, na wasanidi wamechapisha data na mbinu za mafunzo pia.
Nini OpenFold3 Inaweza Kutabiri
OpenFold3 ni muundo wa utabiri wa muundo wa atomi zote. Kulingana na AWS, inatabiri muundo wa pamoja wa 3D wa seti ya molekuli moja kwa moja kutoka kwa mfuatano wao - na haizuiliwi kwa minyororo moja ya protini. Utabiri mmoja unaweza kukunja mchanganyiko wa protini wa minyororo mingi, mikusanyiko ya asidi ya protini-nucleic, na changamano za protini-ligand, ambayo inashughulikia sehemu kubwa ya mwingiliano wa molekuli muhimu katika ukuzaji wa dawa.
Uwezo huo ni muhimu kwa sababu utabiri wa muundo umekuwa kimyakimya msingi wa ugunduzi wa dawa za kimahesabu. Chapisho la AWS linabainisha kuwa timu sasa zinaitegemea kwa ajili ya utambuzi wa lengo, uhandisi wa kingamwili na protini, na uchunguzi wa mtandaoni unaotegemea muundo - kazi ya hatua ya awali ambayo huamua ni dawa gani zitawahi kufikia maabara yenye unyevunyevu.
Leseni ya Wazi Ndio Hoja
Leseni ya Apache 2.0 ndiyo inayotofautisha OpenFold3 katika uwanja uliojaa mifumo iliyofungwa ya mipaka. Mashirika ya utafiti na makampuni ya dawa yanaweza kukagua modeli, kuiweka vizuri kwenye data ya umiliki, na kuunda bidhaa za kibiashara juu yake chini ya masharti ya leseni, AWS ilisema. Kwa sekta ambayo miundo ya molekuli na data ya uchunguzi inalindwa kwa karibu sana na siri za biashara, muundo ambao uzito na mbinu za mafunzo huchapishwa hupa timu kiwango cha ukaguzi ambacho API zilizofungwa haziwezi kulingana.
AWS inafafanua onyesho la kukagua OpenFold3 kama hakikisho la utafiti, ambalo linafaa kukumbuka: huu ni uwekaji wa mapema, unaoendelea badala ya bidhaa iliyokamilishwa. Lakini hata ugawaji wa onyesho la kuchungulia la modeli ya kukunja iliyo wazi, yenye chembe zote hupunguza kizuizi kwa maabara za kitaaluma ambazo haziwezi kujadiliana kuhusu leseni za biashara na watoa huduma wa miundo wamiliki.
Kwa nini Inaendesha kwa Uelekezaji wa Asynchronous
Hadithi ya miundombinu inavutia kama mfano yenyewe. Miundo mingi ya JumpStart - miundo mikubwa ya lugha na miundo ya kupachika miongoni mwayo - hutumika kwenye ncha za wakati halisi ambazo lazima zirudishe jibu ndani ya ombi moja lililowekwa kwa sekunde 60. Utabiri wa muundo hauendani na ukungu huo. Muda wa kukunja hukua kwa idadi na urefu wa minyororo katika hoja, na protini za ulimwengu halisi na changamano mara nyingi huchukua dakika kadhaa kutabiri.
Kwa sababu hiyo, OpenFold3 kwenye JumpStart inaendesha SageMaker Asynchronous Inference. AWS inaangazia sifa mbili za miisho isiyolingana ambayo inalingana na mzigo wa kazi wa kisayansi: wao hupanga mlipuko wa maombi ndani, kwa hivyo maabara inaweza kuwasilisha kundi kubwa la mlolongo bila kuunda foleni yake ya kazi, na inaweza kufikia hali sifuri wakati foleni ni tupu, ambayo huepuka kulipia muda wa GPU bila kitu kati ya majaribio. Muundo huu unatumia matukio ya G6 GPU, na AWS inatahadharisha kuwa uwezo wa G6 unaweza kuwa mdogo katika baadhi ya maeneo - utumaji ambao haufaulu kwa hitilafu ya InsufficientInstanceCapacity unapaswa kujaribu tena baadaye au uchague ukubwa tofauti wa mfano unaotumika.
Pia kuna onyo la gharama lililowekwa kwenye tangazo: Sehemu za mwisho za SageMaker hutozwa kwa kila saa ya tukio wakati unaendesha, ikijumuisha ukiwa hutumii. Chapisho la AWS huwaambia watumiaji kufuata hatua zake za kusafisha au kusanidi kiwango hadi sifuri ili kuepuka gharama zisizotarajiwa - ushauri wa vitendo kwa bajeti za utafiti ambao mara chache huvumilia bili za kushtukiza za wingu.
Inamaanisha Nini kwa Sayansi Inayoendeshwa na AI
Mpango wa usambazaji ni ishara kuhusu wapi sayansi wazi na miundombinu ya wingu ya kibiashara inaungana. Watengenezaji wa OpenFold3 waliunda kielelezo kilichoundwa kukaguliwa, kusawazishwa vizuri na kupanuliwa; AWS iliunda safu ya huduma ambayo inashughulikia hali halisi ya uendeshaji isiyo ya kawaida - makisio ya dakika nyingi, mzigo mkubwa wa kazi, gharama za muda bila kufanya kitu - ambazo huzuia maabara nyingi kutoka kwa upangishaji wa kibinafsi. Kwa pamoja, wanatoa uwezo ambao hivi majuzi ulihitaji utaalamu wa kina wa uhandisi wa ML upatikane kwa timu ya kawaida ya utafiti iliyo na akaunti ya wingu.
Mazingira ya ushindani pia yanafaa kutazamwa. Miundo ya utabiri wa muundo hukaa katikati ya mbio za silaha za ugunduzi wa dawa zinazojumuisha baadhi ya maabara za AI zinazofadhiliwa zaidi ulimwenguni, na njia mbadala zilizo wazi hubadilisha msimamo wa mazungumzo wa kila mtu katika soko hilo. Ikiwa kampuni ya dawa inaweza kusawazisha muundo wa Apache 2.0 kwenye data yake yenyewe badala ya kukodisha mfumo uliofungwa, uchumi wa ugunduzi wa dawa unaosaidiwa na AI hubadilika sana.
Hakuna lolote kati ya hayo linalosuluhisha mapango ya kisayansi. Miundo iliyotabiriwa ni dhahania za kimahesabu, si ukweli uliobainishwa kwa majaribio, na chapisho la AWS lenyewe husimamia utumaji kama onyesho la kukagua utafiti kwa sababu hiyo haswa. Lakini mwelekeo uko wazi: mfumo wa uzani huria ambao ulibadilisha uchakataji wa lugha asilia sasa unafikia sayansi ya molekuli, na watoa huduma za wingu wanakimbia kuukaribisha.
---
Kaa Mbele ya AIPata habari za hivi punde za AI, uchanganuzi na mafanikio - yote katika sehemu moja.
Soma habari zaidi za AI →
